为鼓励我国边境地区积极发展与我国毗邻国家之间的边境贸易和经济技术合作，国务院自1996年初开始下发了一系列旨在促进新疆发展边境贸易的优惠政策。
1、边境小额贸易企业出口本地自产的11种属国家重点管理的商品，外经贸部根据新疆具体情况，专项给新疆下达一定数量的出口配额，并授权新疆外经贸主管部门发放出口许可证；出口除国家实行重点管理商品实行统一招标，监控化学品、易制毒化学品以外的其它商品，一律免领配额和许可证。
2、边境小额贸易企业进口原产于毗邻国家实行进口配额和限量登记管理的商品（除汽车及关键件外），由国家从年度进口计划总量中切块下达进口配额或限量登记额度，并授权新疆签发进口许可证和进口商品登记证。
3、边境贸易享受特殊的税收政策。根据国务院国发[1996]2号《关于边境贸易有关问题的通知》及海关总署[1998]外经贸政发844号《关于边境贸易有关问题的补充通知》的有关规定，边境小额贸易享受一般贸易出口退税政策，按一般出口退税办法办理出口退税手续。
4、边境小额贸易企业通过指定边境口岸进口原产于毗邻国家的商品，除烟、酒、化妆品以及国家规定必须照章征税的其它商品外，在2000年底前，实行进口关税和进口环节增值税按法定税率减半征收的政策。
5、通过互市贸易进口的商品，每人每日价值在人民币3000元以下的，免征进口关税和进口环节增值税，对超出部分按法定税率照章征税。
6、边境地区对外经济技术合作项下换回物资的进口，在2000年底前，执行边境小额贸易的进口税收政策。
备注：现行的边境小额贸易优惠政策2000年年底到期，在新的边贸政策尚未下发之前，继续执行原边贸政策。